در این مقاله برای بررسی کارایی آزمایشگاهها و تعیین نوع استراتژی هدایتی در سازمان کارفرمای ناظر از تحلیل پوششی داده‏ ها استفاده شده است. برای این منظور، ابتدا با استفاده از نظرات خبرگان شاخصهای ورودی و خروجی مشخص شده و سپس با استفاده از تحلیل پوششی داده‏ ها کارایی آزمایشگاههای مختلف محاسبه می‏شود. همچنین با تعیین آزمایشگاه الگو، میزان تغییرات لازم در متغیرها برای بهبود کارایی آزمایشگاههای ناکارا، مشخص می‏شود. از روش پیشنهادی برای تعیین استراتژیهای هدایتی آزمایشگاههای آزمون مواد غذایی مختلف در اداره کل استاندارد استان تهران استفاده شده است. بررسی نتایج نشان می‏دهد با توجه به وجود ظرفیت خالی در آزمایشگاهها و همچنین سطح کارایی متوسط و پایین باید از انتخاب استراتژی رشد اجتناب و به جای آن از استراتژیهای ثبات یا کاهش استفاده شود. همچنین استفاده از سیاستهای حمایتی و افزایش تعداد نمونه‏ های ارسالی برای آزمون برای افزایش کارایی آزمایشگاهها الزامی می‏باشد. روش پیشنهادی ابزار مفیدی برای مدیران واحدهای آزمایشگاهی در جهت افزایش کارایی آزمایشگاهها می‏باشد